食物中維生素B12與蛋白質結合，在胃酸與胃蛋白酶作用下釋放出來，又與胃中R蛋白結合，在PH2與8情況下，維生素B12與R蛋白親和力要比與內因子 （Intrinsic factor,IF）的親和力分別大50與3倍。因此，維生素B12不能從與R蛋白結合轉至IF結合。在小腸中維生素B12-R復合物分解，在10min內維生素B12轉移與IF結合。在小腸中維生素B12與IF結合。R蛋白不但在胃中有，唾液、膽汁及其他人體液中也有。IF與胃粘膜壁細胞內質網系統相聯系，維生素B12-IF對蛋白酶很穩定。有及豬的每gIF可結合30μg維生素B 12進入腸細胞內，在細胞表面游離的IF又可與維生素B12結合。但有人認為IF也進入細胞內。
維生素B12從腸細胞排出到門靜脈與血漿中結合蛋白結合。人血漿中有三種維生素B12運輸蛋ⅠⅡⅢ（即transcobalaminⅠ、Ⅱ、Ⅲ；TCⅠ、TCⅡ、TCⅢ）。TCⅠ即血漿R蛋白，血漿中80～ 100%的維生素B12與之結合。TCⅡ在肝中合成，1molTCⅡ與1mol維生素B12或其類似物相結合，血漿中只有10～20%的維生素B12與之結合，它的主要作用是將維生素B12從腸運輸至其他組織，如肝、腎、能髓、紅細胞、胎盤等。在這些靶組織上有他的受點，將TCⅡ-維生素B12包入，在溶酶體內將其分解，但有人認為分解的場所為溶酶體膜或胞漿內。
TCⅠ及TCⅢ的功用可能一方面保護維生素B12不為細菌所用，另一方面可能將維生素B12類似物如類咕啉及鈷胺酰胺從水消化道及體內清除出去。在體內清除是將TCⅠ（或TCⅢ）-維生素B12類似物的復合體進入到肝細胞的溶酶體內將其分解，然后維生素B12類似物由肝排出至膽汁中，其再吸收可能性不大，因IF與維生素B12類似物結合能力比較弱。
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維生素B12主要是在肝臟里儲存，多余的確實可以通過尿液排出來，因為它是水溶性的嘛。但我也聽說長期大量服用可能會對身體有負擔，特別是對腎不好的人來說。所以我覺得如果是日常保健服用的話，還是控制好劑量比較好。如果有特殊健康情況或者在服藥期間，最好先咨詢醫生，別自己決定補什么和補多少
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我查過一些資料，維生素B12屬于水溶性維生素，一般情況下如果身體攝入過多的話，多余的會通過尿液排出體外。不過具體代謝過程可能還跟個人體質有關，比如腎臟功能是否正常，平時飲水量多少這些因素都有影響。我建議如果你是擔心補充過量的問題，最好還是遵醫囑服用，不要自己隨便亂吃，畢竟每個人的身體狀況不一樣
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我之前也好奇過這個問題，后來查到說維生素B12主要是靠腎臟代謝掉多余的量，然后隨著尿液排出。不過這個過程可能受很多因素影響，比如你當天喝水多不多、有沒有同時吃其他藥物、身體的新陳代謝快慢等等。另外，有些人可能存在吸收障礙的問題，反而容易缺乏。所以我覺得補任何營養素都不能盲目，要根據自身情況來定
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聽說維他命B12是水溶性的，吃多了會從尿里排出來，但這不代表就可以無節制地補充。因為我看到有資料說如果長期攝入過量，可能會增加腎臟的負擔，尤其是本身有腎病的人更要注意。所以我覺得與其擔心怎么排出去，不如一開始就在安全范圍內適量補充。如果有疑問還是應該問專業醫生，這樣比較靠譜