在Windows上安裝ImageJ，可訪問官網下載Windows版本的安裝包，解壓后運行即可。無需復雜配置，直接雙擊啟動程序使用。
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首先你需要在官網下載的安裝
還需要好的環境。
最好查看一些教程 -
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memory只能設定為63M，不能按照說明書的要求設定為128M，也不能導入圖片。
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這在ImageJ里是比較常用的操作，既然兩天了也沒有人回答，我就嘮叨一下吧。
基本上，沒有特別要求，怎么照都行，可以疊加。
廣義上，共聚焦圖像的疊加，通常有不同兩種情況：
1，multichannel，雙重或多重熒光標記，不同通道不同顏色熒光，這種疊加可稱為merge；
2，stack，多層光切片的疊加，一般是Z軸方向，可以有多種算法，這種疊加可稱為project。
當然，這兩種情況也可以共同出現（為簡單見我這里只說單純情況），一般這兩種情況的處理方法不同。
我感覺你是第一種情況。我就按這個說吧：
可以根據你所使用的共聚焦提供的軟件設置每個通道為不同的顏色。其實，本質上來說都是偽彩（pseudocolor），就算你用同一種顏色，之后在ImageJ里也可以隨意改變成你期望的兩種顏色。
我通常用leica的機器，你可能能用別牌子的機器，這都沒有關系。一般機器輸出的圖片都可以從中分離或者在confocal自帶的軟件里導出成.tiff格式,這個格式大多軟件都認，也包括ImageJ。
現在我默認你已經有了兩個來自于同一個樣品的不同熒光通道的tiff圖片，現在你在imageJ里面依次將它們打開，現在到ImageJ主界面菜單欄——》Image——》color——》mergechannels選中，會跳出colormerge對話框，有幾個選項我不多講了，按著軟件的默認OK就行了。試試吧
另外，如果你是Zeiss的confocal輸出的文件，ImageJ（V1.45）有現成的plugin，操作會更方便一點。
還有問題的話不妨先看看help。