元朝時,西藏正式成為元朝的行政區,設宣政院,統領宗教事務和管轄西藏地區,稱為宣政院轄地。宣政院是元代管理宗教事務和西藏軍事民政的機關。元朝初建,一切建制沿襲唐宋,根據實際需要,亦增設一些新機構,宣政院即是其一,主掌宗教和少數民族事務。由于元朝統治者崇信喇嘛教,大力推行宗教,因此主管宗教事務的宣政院權勢極大,宣政院下設院使、同知、副使等官。宣政院初名總制院,設置于元世祖至元元年(1264年),至元二十五年改為宣政院。宣政院官職人選僧俗并用。遇地方有事,則設行宣政院駐當地處理。凡重大軍政問題,均與樞密院共同決定。宣政院,秩從一品,掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。遇吐蕃有事,則為分院往鎮,亦別有印。如大征伐,則會樞府議。其用人則自為選。其為選則軍民通攝,僧俗并用。至元初,立總制院,而領以國師。二十五年(1288年),因唐制吐蕃來朝見于宣政殿之故,更名宣政院。
《元史·百官志》